Gaia Kooli õppekava põhineb riiklikul õppekaval ning Gaia hariduse põhimõtetel. Gaia hariduse põhimõtteid kannavad põhikoolis õppesuunad: loodusõpe ja pärimuskultuur. Need ained on lõimitud teiste ainetega. Ka koolielu aastaring, koolis toimuvad projektid, laagrid, matkad, ekskursioonid ning peod on kantud loodusõppest ning pärimuskultuurist.
Kooliaasta on jagatud viieks perioodiks, kus iga perioodi kestus on 7 nädalat. Iga seitsmes nädal on projektinädal, mille raames toimuvad õppekäigud, matkad, laagrid, laadad ja viiakse ellu pikemaid projekte. Iga projektinädal lõppeb ühise tähistamise ehk peoga. Gaia väärtusruumis peetakse tähistamise kultuuri väga oluliseks, sest inimese harmooniliseks arenguks on oluline lisaks tööle ning pingutusele väärtustada ka ühist rõõmustamist ning puhkust.
Ühise ruumi loomisel kasutatakse koolis ringimetoodikat. Tulevikuplaanide tegemine, tehtu analüüs, erimeelsuste lahendamine ning tähistamine – kõigi nende tegevuste elluviimiseks on hea koguneda ringi. Ringitarkus võimaldab igaühel sõna saada ning teisi kuulda. Ringis on kõik võrdsed.
Gaia koolis on õppetöö korraldatud üldõpetuse põhimõtteid järgides.
