Gaia Kool järgib õppetöö korraldamisel aastast rütmi, aastaaegade rütmi, nädala rütmi ja ööpäevast rütmi.
Aasta rütmi sisseviimisel järgib kool Eesti rahvakalendri tähtpäevi. Au sees on riiklikud pühad ja tähtpäevad (nt Eesti Vabariigi sünnipäev). Tunnustatud on Eesti kultuuriruumis juurdunud kristlikud traditsioonid (nt jõulud), arvestatakse võimalusel teiste kultuuride tähtpäevadega (nt volbriöö), tähistatakse pööripäevasid. Peamine põhimõte on lähtuda tegevuste planeerimisel looduse rütmidest, mida arvestatakse võimalusel õppetöö korraldamisel (aktiivne tegutsemise periood valgel ajal, rahulikum talvel). Samuti peetakse oluliseks lähtuda iga lapse eripärastest võimetest ning talle sobivast tempost.
Kool keskendub oma tegevuses igapäevasele rütmile, mis moodustab nädalase rütmi. Nädalad moodustavad rütmi ühest tähtpäevast teiseni. Iga tähtpäev on oma olemuselt pidu. Nii moodustab kooliskäimine turvalise seikluse, kus teatud ajaperioodi järel on taas toimumas uus ja huvitav sündmus. Lähtutakse põhimõttest, et koolielu tegevus toimub ühest sündmusest järgmiseni. Pidulike sündmuste vahel on rahuliku tegevuse perioodid, kus valmistutakse järgmiseks ürituseks. Võimalusel seotakse pidustustega ka õpitavaid aineid; sündmusi tähistatakse kontsertide, etenduste, avalike arutelude või muude koosviibimistega, kuhu on oodatud ka kõik lapsevanemad. Õpilased ise osalevad võimalikult palju tähtpäevade ja ürituste korraldamisel, seda õpetajate juhendamisel ja suunamisel, olles eelnevalt tutvunud ka vastava kalendri tähtpäeva traditsioonidega.

Õppeaastas on 35 õppenädalat, kokku 175 koolipäeva, mis on jaotatud viieks perioodiks. Kooliaasta algab 1. septembril.
Gaia Kool korraldab suveperioodil täiendava õppega seotud tegevusi, arvestades, et põhiharidust omandavale õpilasele on tagatud vähemalt 8 järjestikuse nädala pikkune puhkus kõigist õppega seotud tegevustest. Kokkuleppel lapsevanematega planeeritakse õppetöö korraldust suvelaagri vormis.

Õppe- ja kasvatuskorralduse põhivorm on õppetund. Õppetunni pikkus on tavapäraselt 45 minutit. Lähtuvalt õppetöö iseloomust võib õppetunde läbi viia paaristundidena. Õppetunnid toimuvad koolis või väljaspool kooli ekskursiooni või õppekäiguna.
Koolipäev algab hommikuringiga, kus iga õpilane saab väljendada oma ootuseid päevale ning arutatakse läbi päevakajalised teemad.